[EllE HRD]

значит надо обоснованно объяснить руководителю сложившуюся ситуацию.
ну не всегда можно делать то, чего бы очень хотелось. есть еще и закон.
если работник напишет заявление об увольнении по соглашению сторон, а руководитель, как одна из сторон, не согласится, то работнику надо будет искать другой выход. в конце концов, если он не дурак, то найдет в Интернете КЗоТ и вычитает, что можно уволиться в связи с переездом, например.
договоритесь с руководителем. доработайте текст договора и опишите отдельно условия досрочного увольнения. хотя тут тоже не особо разгуляешься. просто надо это принять - люди иногда увольняются вопреки желаниям и планам администарции.

ЗЫ. я не оправдываю работника, и в данной ситцуации руководитель имеет право быть несогласным = стороны не договорились. но это все равно уже не работник.