Поскольку деление на департаменты применяется в основном в крупных госструктурах, я бы посоветовал Вам сделать так:
организация - отделы (цеха) - сектора (участки) - группы (бригады)...
Примерно так...
Названия же подразделений должны просто отражать характер работы:
отдел главного механика, цех сварки (сварочный цех), сектор разработки оснастки, участок ремонта эл. двигателей, группа оснастки станков с ЧПУ, бригада намотчиков эл. двигателей...