Мое мнение такое:
О несогласии подписывать предупреждение, с которым она ознакомлена, можно составить акт.
Если сотрудница не согласна работать в новых условиях, о которых ее предупредили, свое несогласие она должна выразить в письменном виде.
Если же такого несогласия нет, и после истечения 2-месячного срока предупреждения сотрудница продолжает работать в новых условиях, это можно считать ее согласием.
Да, а какие именно произошли изменения условий труда, что-то не совсем понятно?
А вообще, не нравится мне, когда беременных обижают. Почему так сложно подождать несколько месяцев?