Вот я полдня думала. Вывод один: все записи в ТК делаются по основному месту работы.
А вот из этого простого, на первый взгляд, вывода у меня возникла масса вопросов.
Ну, например. Работал Вася по основному месту в ООО "Бантики", по совместительству в ООО "Тузики". Не понравилось Васе в "Бантиках" и уволился. А уже на следующий день принялся
в ЧАО "Ленточки"
(аббревиатура-то какая 
, закачаешься) . При этом в "Тузиках" продолжает работать по совместительству.
Вот тут интересно:
1. Если в "Бантиках " вносили запись о приеме в "Тузики", то запись об увольнении из "Тузиков" будут вносить "Ленточки". Хронология как бы соблюдается.
2. А если "Бантики" такую запись не делали, а уже работая в "Ленточках" Васе приспичило получить запись о работе по совместительству, то хронология уже как бы и "порушена". Но в Инструкции запрета на внесение такой записи нет.
3. Или вот еще вариант: уволился с основного и с совместительства одновременно (как в вопросе ТС), а потом стал работать по основному месту в ЧАО "Ленточки", и где-то там еще по совместительству. А имеет ли право ЧАО "Ленточки" внести запись о том, что Вася 2 месяца назад работал в "Тузиках" и уже уволился с совместительства..... Ведь чисто формально ЧАО "Ленточки" есть основное место работы, где и положено вести ТК.....
4. Или, описанный вопрос. И решение: внести запись о работе по совместительству ПОСЛЕ записи об увольнении с основного. Прямого запрета на это нет
Все это Инструкция не описывает. Нет в ней ответов на эти и другие вопросы.