[anatol_ua]

Подача работником заявления об увольнении по собственному желанию (за две недели, согласно ст. 38) ещё не означает, что не надо ходить на работу.
В моей практике был случай, когда пришлось уволить работников в поледний день работы за прогул именно в этот день
(пришли за ТК в последний день работы, т.е. фактически покинули рабочее место и не отработали этот день...).
Поэтому не вижу тут сложностей, тем более, что процедура Вам известна.
Если хотите как-то "привязать" заявление работника к увольнению за прогул - приложите его к служебной записке о прогуле
(соответственно, и к приказу об увольнении) - написал заявление и решил, что работать не надо...