В нас в кол. договорі прописано: працівники зобов"язуються подавати Лікарняні не пізніше 5 днів після закінчення хвороби.
(ще одна причина для чого таки кол. договір потрібен - пишіть кол. договори 
)
Згідна з marshall про п. 1
Моя думка - Письмові пояснення треба було б
вже мати "на руках".
+ я б писала пояснювальну записку "ХХХ - не надав документів для підтвердження його відсутності" - а далі дії аналогічні до підтвердження факту прогулу та застосування стягнення