Что делать, что делать ?..
Начислять оплату за работу (сдельно, как и принято в компании).
Вы же их командируете для выполнения конкретных работ - вот и платИте им за эти работы !
А командировочные расходы оплачиваются отдельно -
одинаково для всех согласно Инструкции о командировках.
Не вижу тут каких-то проблем...