"Частково" или "частина" - это хоть понятно и в законодательстве встречается, а что такое "в счет отпуска" - вообще непонятно.
Так что пусть тот, кто "наезжает", чем-то аргументирует...
А в типовой форме - да, вообще не предусмотрено частями предоставлять!