Молодец он, конечно
Но навредил, прежде всего, самому себе, т.к. в фонды и в налоговую поступала неправильная информация. Что ваша бухгалтерия по этому поводу говорит?
Вы можете издать приказ о внесении изменений в учетные данные на основании предоставления нового паспорта, и эти изменения вступят в силу со дня регистрации приказа. А больше ничего Вы сделать не сможете...