Начнем с самого простого.
Заводите новый журнал для ТК, всех вновь принятых регистрируете, как положено, а старый бережёте как зеницу ока приложением к новому. Ничего переписывать не нужно.
Отпуска - нужно начинать предоставлять. "Потыхенечку". Объясните руководству, чем чревато непредоставление, и оформляйте. Графики "задним числом" я думаю, составлять не нужно.
Отчеты - надо, конечно, рядышком темка о них.
Терпения Вам и здравомыслия!