Внедрение бизнес-процессов это целая наука, ибо практика показывает, что не достаточно просто сказать "С завтрашнего дня живем по-новому". Тем более, если уже сформированы определенные схемы взаимодействия. Их сложно поломать на самом деле. Думаю, имеет смысл назначить ответственных ("владельцев") БП на каждом участке, чтобы не Вы "убирали" "во всем доме", а каждый "в своей комнате"
Пусть они отслеживают-контролируют-корректируют.
Конфликты? Но кто в них виноват? Тот, кто БП не следует...
Ну и позвольте последнее ИМХО: ситуация аврала - не лучшее время для внедрения БП.