Насколько я поняла, зам хочет, чтобы его именно перевели (временно, на период отсутствия основного работника) на должность директора. И не хочет, чтобы его назначали и.о. на этот период, верно?
И как раз понятно, почему) Он рассчитывает, что в ТК в этом случае будет запись "директор". А если он по приказу исполняющий обязанности - то ничего нового в ТК не появится. Неглупый у Вас зам, между прочим, свои интересы четко блюдет. Плох тот солдат, который не мечтает стать генералом
И в чем проблема? Если директор уйдет на три года - то почему бы и не пойти навстречу заму? Перевести временно, и без приставки и.о.(Если, конечно, директор "по-быстренькому" родит и вернется на работу, то смысла никакого)