А его должность в ООО так и называлась -
соучредитель ?
Или всё-таки - зам. директора или финансовый директор или хотя бы начальник отдела ?
Если он был просто соучредителем, то достаточно протокола и изменений в Устав.
Если он был ещё и должностным лицом ООО (см. выше),
то + увольнение по КЗоТ с заявлением, протоколом, приказом и записью в трудовую книжку.