Все зависит от формы собственности Вашей организации и условий колдоговора. Если фирма частная и государство не имеет своего %, тогда можете платить и замам согласно КД. Если госконтора - лучше доплату отменить как ошибочно установленную, пересчитать зарплату и налоги, и не ждать проверок. Санкции зависят от суммы ущерба.
В любом случае админштраф будет.