У Вас есть Положение о командировках?
И что прописано на сей счёт в КД?
Вот с буквы этих документов и приказа надо танцевать при оплате командировок. План проведения конференции не является основанием для двойной оплаты.
PS. Я Вам рекомендую почитать эту тему где то с середины. Мы там все уже "пережёвывали".