Для учета рабочего времени принципиальной разницы между СКД и биометрией нет - у вас просто разные инструменты идентификации сотрудника (на одном из моих мест работы применялась вообще комбинированная система СКД+дактилоскопия - чтоб шпион не пробрался
)
По своему опыту могу сказать, что при использовании отпечатка пальца вход-выход обычно замедляется: считыватель далего не всегда с первого раза вас идентифицирует.