Номенклатура в переводе с латыни - это список.
А в списке все номера идут по порядку, и после 16 не может быть 18.
Можно, конечно, сделать так, как вы пишете - "...дела, шедшие за выбывшим изменяют свои индексы, т.к. «подпрыгнут» на одну строку (дело с индексом 18 станет 17 и т.д", но это не самый лучший вариант, так как поменяется нумерация у всех дел, следующих после № 16.
Поэтому я порекомендовал бы такое решение этой проблемы:
1.Номенклатура дел на год - это список дел, которые предполагается завести в течении года. Но если номенклатурой предусмотрено дело за № 17, но в течении года оно по каким-то причинам так и не было заведено, то в конце года просто ставится отметка : "Не заводилось", и на этом вопрос исчерпан (например, вы намеревались завести дело с материалами о командировках, но никто в течении года в командировки не ездил, и в результате вы дело так и не завели - подшивать то туда нечего
).
2. Чтобы не ползла нумерация, при утверждении номенклатуры дел на следующий год самое последнее дело зарегистрируйте за № 17, и все станет на свои места ( номенклатуре дел за 2019 год вносится, например, такая запись:
"дело № 52 ( ну или какой там у вас будет последний номер) перерегистрировано за № 17 по номенклатуре 2020 года").