Давайте на примере. Кладовщику с окладом 1500 меняем оклад на 1700, а кладовщику с окладом 1600 меняем оклад на 1800. Как будет выглядеть приказ?

Очень я сомневаюсь, что в ШР будут указаны две абсолютно одинаковые должности, но с разными окладами.
Более вероятно, что это будут должности, к примеру, кладовщик склада варенья и кладовщик склада печенья, тогда и приказ будет выглядеть так:
установить с 01.03.2016г. следующие должностные оклады:
кладовщик склада варенья - 1700 грн
кладовщик склада печенья - 1800 грн

Спасибо.

Сплошь и рядом. Как быть в таком случае?

Даже при варианте с варьеньем и печеньем мне удобней указывать, что убирается, а что вводится, чтобы потом не ошибиться при вводе данных в программу.

насчет "сплошь и рядом" вы, конечно, загнули - я такого еще нигде не встречал, и если оклады разные, то должности хоть подразделениями, да отличаются.
К тому же в таком случае ДИ тоже должны писаться отдельно для каждого из кладовщиков, ведь согласитесь - это нелогично, когда двум работникам с абсолютно одинаковыми обязанностями устанавливают разные оклады, не так ли?
И если в приказах о приеме еще можно понять, кто из них куда назначен (по размеру оклада, указанному в приказе), то как понять, где чья ДИ? Или они так и называются - "должностная инструкция кладовщика с окладом 1500 грн" и "должностная инструкция кладовщика с окладом 1700 грн"? Вы такое встречали в своей работе где нибудь?
Инка, а если глянуть глубже - в случае, когда меняются не оклады двух кладовщиков, а полностью меняются все оклады и вводится новое штатное расписание, то вы как поступаете в таком случае?
Тоже сначала всех выводите, а потом всех вводите?

В большинстве случаев, но не всегда.
С абсолютно одинаковыми - да. Но и при одинаковых обязанностях они могут быть разного объема в целом, либо пропорционально у одного может быть больше часть какой-то сложной работы, а у другого - меньше.
С какой работника должностной инструкцией ознакомили, та и его.
Это уже утверждение нового штатного расписания, а не изменения к существующему. Поэтому я его просто утверждаю целиком с определенной даты.

Вам лично известны такие случаи? если известны, расскажите, пожалуйста, детальнее, потому как я с таким никогда еще не сталкивался.
И как же в таком случае в штатном расписании обозначают, у кого из двух абсолютно одинаковых кладовщиков будет больше объем работы, а у кого меньше?
Замечательное решение! Получается, что содержание ДИ никак не зависит от места работы и объема работы? Я оформляю прием на работу двух кладовщиков, одному устанавливаем 1600 грн зарплату, другому 1700 грн, и тут же предлагаем кандидатам ознакомиться с первой попавшейся ДИ, так что ли получается? Ведь по содержанию инструкции, как оговорено выше, невозможно определить, кому из них какая предназначена, и все зависит только от того, кто с ней ознакомился?
А почему же в таком случае изменения окладов с определенной даты вы утвердить не можете? В чем проблема?

Уже:
В штатном расписании обозначают количество штатных единиц кладовщиков с определенными окладами.

Ничего подобного. Человеку при приеме на работу оговариваются обязанности и оплата за них. Соответственно он ознакамливается с приказом о приеме, где указан оклад, и должностной инструкцией, где прописаны обязанности.

Конечно же могу и делаю. И в изменениях указываю, какие должности в каком количестве и с какими окладами исключить, а какие - включить. Нет никакой проблемы.

Ну все равно не поверю я, что в на одном и том же складе два кладовщика имеют разные оклады! такого просто быть не может!
Или дифференциация происходит по сложности работы - тогда это кладовщик и старший кладовщик, или по объему работы - тогда это два разных отдела хранения (сыпучих или разливных, к примеру, продуктов, и фасованных (то есть опять же - варенья и печенья :))

Пусть будет два. Оба варенье-печеньевых. Варенье складируется запросто, а с печеньем надо постараться. У одного варенье-печеньевый склад с преобладанием варенья, а у другого - с преобладанием печенья. Второму платим больше, у него работа сложнее.