Может, у нее какой-то из этих случаев?
В противном случае справка не может быть выше закона.

там діагноз не цукровий діабет, проте вона з категорії багатодітної мами. Тобто кваліфікувати як прогул, адже людина була попереджена?

Пока от нее пояснений нет, это неявки по невыясненным причинам. Найдите женщину, потребуйте объяснений. С приказом она письменно была ознакомлена?

у неё телефон выключен, а соседи сказали что она зарубежом (на зароботках).

Так, це невірне формулювання - ви надаєте відпустку на строк, що значиться в медичному висновку, а медичний висновок видається не довше, ніж на рік.
Тому я порадив би писати в наказі так: "надати відпустку без збереження заробітної плати згідно п.3 ст.25 закону України «Про відпустки»"
Перегляньте ще раз Закон: там ясно видно, що це не відпустка по догляду за дитиною до досягнення нею 6-ти річного віку, а відпустка без збереження заробітної плати, тривалістю, визначеною в медичному висновку, але не більш як до досягнення дитиною шестирічного віку.

Складайте акт про відвідування за місцем проживання, і пишіть, що в результаті опитування зі слів сусідів з'ясовано, що вона перебуває на заробітках і т.д., і підпишіть цей акт у сусідів.

Так, це невірне формулювання - ви надаєте відпустку на строк, що значиться в медичному
 

довідка видана 01.12.16 р до 01.06.17р. (тобто на 6 міс.), але ж дитині вже виповнилось 6 років

Вибачте, я не звернув на це увагу.
В такому випадку це протирічить Закону, в якому зазначено "..не більш як до досягнення дитиною шестирічного віку"!
Мабуть, лікарі не помітили, що дитині 6 років виповниться у лютому 2017 року.

Тобто можна напротязі місяця це кваліфікувати як прогул?
Чи можуть виникнути нюанси: багатодітна мати, довідка до 01.06.17 р.
Бо хочеться все зробити правильно, тим паче що людина не в Україні.

Що написано в наказі?
Ви можете відтворити тут текст наказу повністю, лише без прізвища?
Те, що написано в довідці, не може мати юридичної сили, так як відпустка, про яку ми говоримо, надається на термін не більш як до досягнення дитиною шестирічного віку. Якщо в наказі зазначено, що їй нажається відпустка до 02.03.2017, то її неявка на роботу після цього терміну без поважних причин є прогулом.

Добрый вечер.Выхожу с декретного отпуска,должность моя экономист-кассир.На время декрета на мою должность взяли девушку.(которая вскоре тоже будет уходить в декрет).Но управляющий говорит что я выхожу на должность кассира(ссылаясь на то что должность такая что можно и на кассе работать и экономистом),а девушка которая пришла на мое декретное место,так и остается при этой должности.В итоге,если даже должность будет звучать так же,то обязанности будут другими.Подскажите имеет ли он право без моего согласия это решать?Спасибо за ответ!!