Эти требования безосновательны. Пусть вам проверяющие укажут, на основании каких НПА вы должны писать отдельные ДИ для каждого работника, и покажут, где такое написано.
И точный порядок ознакомления работника с ДИ тоже законодательно не определен, предусмотрено ознакомление работника с его обязанностями до начала работы (см.ст.29 КЗоТ - "...До початку роботи за укладеним трудовим договором власник ...зобов'язаний:
1) роз'яснити працівникові його права і обов'язки...), но нигде не сказано, в каком именно порядке это должно происходить.
Поэтому говорить о том, что вы что-то нарушили, некорректно.

Как Вы делаете,- правильно.У Вас есть Журнал ознакомления с ДИ под роспись.
Если бы его не было,нужно делать как говорят ваши проверяющие:делается 1 должностная,но не именная,а под должность и если должностей "Подсобный рабочий" у вас 100,а должностная под должность одна,то делаете "Лист ознакомления с ДИ" и все ваши 100 человек там ставят ФИО, дата,ознакомлен,подпись.
И так , и так верно.

Добрый день, подскажите пожалуйста как часто нужно обновлять должностные инструкции?

По мере необходимости. Если изменились/добавились обязанности, например, или название должности. Или нужно уточнить что-то (зоны ответственности, квалификационные требования, перечень необходимых знаний и т.д.). Если ничего не меняется - то и ДИ работают дальше.

Просто в 2016 мы стали ООО и некоторые инструкции 2009 года на русском языке. Хотя ничего не поменялось.

У нас тоже есть часть инструкций на русском языке. Не вижу в этом криминала:lol: То, что не запрещено - разрешено. Инструкции я потихоньку обновляю (а заодно и перевожу на укр), по мере возникновения потребности. Так что, это на Ваше усмотрение.
ДИ ведь не является строго нормированным документом. Её, по сути, вообще нет ни в одном НПА. Это просто общепринятая форма ознакомления с должностными обязанностями.

На момент утверждения должностной инструкции (2009 год) в ходу были документы и на русском и на украинском языке, поэтому на сейчас (2021 год), даже если учесть, что требуют ВСЕ документы предприятия вести на украинском, то переводить "бывшие" ДИ на украинский не следует, если по сути их содержания изменений нет.
Поэтому беспокоиться не следует.